Suely Araújo fez pedido ao ministro do Meio Ambiente, Ricardo Salles.
Indicada por Michel Temer (MDB), ela estava na chefia do órgão desde 2016.
A saída ocorre após uma discussão pública entre Araújo e Salles.
O ministro levantou suspeita, no Twitter, sobre um contrato de 28,7 milhões de reais firmado pelo Ibama para aluguel de carros.
Suely reagiu aos comentários dizendo que era uma “acusação sem fundamento” que revelava “completo desconhecimento” das funções do órgão.
Também afirmou que o contrato de locação tem âmbito nacional e abrange 393 caminhonetes adaptadas para fiscalização, combate a incêndios florestais e emergências ambientais.